Všechny údaje, které při statistických šetřeních Český statistický úřad získává, podléhají velmi přísné ochraně, kterou upravuje zákon. Zjištěné osobní a důvěrné údaje slouží pouze ke statistickým účelům, nesmí být zveřejňovány, ani komukoliv jinak než dle zákona poskytovány. Všichni pracovníci, kteří se podílejí na procesu sběru a zpracování údajů, se písemně zavazují k mlčenlivosti o zjištěných údajích.

Stejná pravidla jsou použita i při sběru a zpracování výsledků Minisčítání. Přestože se nejedná o opravdové statistické zjišťování, organizátoři projektu chtějí prostřednictvím Minisčítání seznámit účastníky s procesem zpracování a využití statistiky, a proto dodržují stejná pravidla jako u běžných statistických zjišťování.

Veškerá data získaná v průběhu Minisčítání 2018 budou ihned po skončení aktivní fáze projektu anonymizována.

Chcete-li se dozvědět o ochraně dat při statistickém zjišťování více, nahlédněte do Zákona č. 89/1995 Sb., o státní statistické službě.